Để thống nhất các đơn vị thực hiện, Bộ Tài chính quy định rõ cơ sở kinh doanh trong tháng có hàng hoá, dịch vụ XK nếu thuế GTGT đầu vào của hàng hoá XK phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế theo tháng.
Đối với cơ sở kinh doanh trong tháng vừa có hàng hoá, dịch vụ XK, vừa có hàng hoá, dịch vụ bán trong nước, có số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ XK phát sinh trong tháng chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng trở lên nhưng sau khi bù trừ với số thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước trên tờ khai của tháng phát sinh, nếu số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ XK chưa được khấu trừ từ 200 triệu đồng thì cơ sở kinh doanh không được xét hoàn thuế theo tháng.
Trường hợp không hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ XK thì số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ XK được phân bổ theo tỷ lệ % giữa doanh thu hàng hoá, dịch vụ XK trong kỳ với tổng doanh thu của cơ sở kinh doanh trong kỳ.
Cụ thể, số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết của tháng = Thuế GTGT đầu ra của hàng hoá dịch vụ trong nước - Tổng số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ phát sinh trong tháng (bao gồm thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động XK, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế và thuế GTGT chưa khấu trừ hết từ tháng trước chuyển sang).
Số thuế GTGT đầu vào của hàng XK = Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng x Tỷ lệ % doanh thu XK/Tổng doanh thu hàng hoá, dịch vụ chịu thuế.
Chẳng hạn như: Trong tháng tờ khai thuế GTGT của DN có số thuế GTGT kỳ trước chuyển sang là 0,15 tỷ đồng; Thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động XK, phục vụ hoạt động kinh doanh trong nước chịu thuế phát sinh trong tháng là 4,8 tỷ đồng; Tổng doanh thu là 21,6 tỷ đồng, trong đó doanh thu XK là 13,2 tỷ đồng, Doanh thu trong nước chịu thuế GTGT là 8,4 tỷ đồng.
Tỷ lệ % doanh thu XK/Tổng doanh thu = 13,2/21,6 x 100% = 61%
Thuế GTGT đầu ra của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước là 0,84 tỷ đồng
Số thuế GTGT được hoàn theo tháng của hàng XK được xác định như sau: Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng = 0,84 tỷ đồng - (0,15 + 4,8) tỷ đồng = - 4,11 tỷ đồng. Do vậy, số thuế GTGT chưa khấu trừ hết của tháng là 4,11 tỷ đồng
Đối với việc xác định số thuế GTGT đầu vào của hàng XK = 4,11 tỷ đồng x 61% = 2,466 tỷ đồng
Như vậy, số thuế GTGT đầu vào của hàng XK (sau khi bù trừ và sau khi phân bổ) chưa khấu trừ hết là 2,466 tỷ đồng; con số này lớn hơn 200 triệu đồng nên DN được hoàn 2,466 tỷ đồng tiền thuế GTGT theo tháng. Số thuế GTGT đầu vào của hàng hoá, dịch vụ bán trong nước không được hoàn theo tháng là 1,644 tỷ đồng (4,11 tỷ - 2,466 tỷ = 1,644 tỷ đồng) được chuyển kỳ sau khấu trừ tiếp.